Evaluación y comparación de técnicas bioinformáticas para el análisis de expresión diferencial en NGS
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http://dspace.ups.edu.ec/handle/123456789/25690| Title: | Evaluación y comparación de técnicas bioinformáticas para el análisis de expresión diferencial en NGS |
| Authors: | Jara Moscoso, Jacqueline Michelle Saquipay Nieves, Kerly Samantha |
| Advisor: | Malo Cevallos, Inés Patricia |
| Abstract: | Based on simulations with RNA-Seq data, DGE analyses were performed with Bioconductor packages (DESeq2, EdgeR and Limma) to determine optimal parameters in relation to the number of samples (n), total transcripts (m) and DE genes (diffexp). To subsequently perform DGE analysis with a real dataset obtained from GEO. |
| Translated abstract: | Mediante simulaciones con datos de RNA-Seq se realizaron análisis DGE con paquetes de Bioconductor (DESeq2, EdgeR y Limma) para determinar parámetros óptimos en relación al número de muestras (n), transcritos totales (m) y genes DE (diffexp). Para posteriormente llevar a cabo análisis DGE con un conjunto de datos reales obtenidos de GEO. |
| Keywords: | BIOTECNOLOGÍA SECUENCIA DE NUCLEÓTIDOS BIOINFORMÁTICA ARN EXPRESIÓN DEL GEN |
| Issue Date: | Aug-2023 |
| URI: | http://dspace.ups.edu.ec/handle/123456789/25690 |
| Language: | spa |
| Appears in Collections: | Grado |
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