Evaluación de cuatro protocolos para la extracción de ADN en ascomicetos (género Xylaria), del herbario perteneciente al QCNE y para muestras frescas del DMQ
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http://dspace.ups.edu.ec/handle/123456789/29540| Título : | Evaluación de cuatro protocolos para la extracción de ADN en ascomicetos (género Xylaria), del herbario perteneciente al QCNE y para muestras frescas del DMQ |
| Autor : | Álvarez Guillén, Daniela Nicole Parco Monar, Bryan Eduardo |
| Director de Tesis: | Chiluisa Utreras, Viviana Pamela |
| Resumen traducido: | When talking about the Fungi Kingdom, it is mentioned that they are not part of the plant and animal kingdom. However, they contribute to the care of the environment since some genera, such as Xylaria, can degrade decomposing wood by producing enzymes such as hydrolases and laccases. DNA extraction and purification are the first stages of most molecular techniques used in laboratories since they will isolate this biomolecule without contaminants. In this research, traditional methods were used for DNA extraction through the use of organic solvents such as phenol, chloroform, and isoamyl alcohol, which allow protein precipitation; to compare them with a commercial method, which already has a lysis solution, precipitate, and DNA elution. It is worth mentioning that public institutions usually do not receive adequate financial support. Most of the time, public institutions do not receive adequate financial support. Therefore, alternatives are sought to extract genetic material from fungi preserved in herbariums and from fresh samples without using commercial kits. For statistical analysis, a completely randomized ANOVA experimental design was used in a 4x3 factorial design, that is, three protocols + 1 commercial kit, resulting in 4 protocols to evaluate and three states of the sample (young and preserved hydrated and non-hydrated tissue), resulting in 12 treatments and four repetitions will be applied for each protocol, with a total of 48 experimental units. Using a Tukey post hoc test, the effectiveness of the DNA extraction protocols on the samples was evaluated, determining which protocol is statistically significant or at least different in its effect. As a result, it was obtained that DNA extraction with the second protocol consisting of a lysis solution formed by 2% CTAB; TrisHCl (100 mM); NaCl (2.4 M); 5% DMSO; EDTA (20 mM) and lithium chloride, is the optimal one, since it presented better concentrations and integrity |
| Resumen : | Cuando se habla del Reino Fungi, se menciona que no forman parte del reino vegetal y animal, sin embargo, contribuyen al cuidado del ambiente, ya que, existen algunos géneros como Xylaria que son capaces de degradar la madera en descomposición al producir enzimas como hidrolasas y lacasas. La extracción y purificación del ADN es la primera etapa de la mayoría de las técnicas moleculares que se utilizan en los laboratorios, ya que, permite aislar a esta biomolécula sin la presencia de contaminantes. En esta investigación se utilizó métodos tradicionales para extracción de ADN mediante el uso de solventes orgánicos tales como el fenol, cloroformo y alcohol isoamílico, que permiten precipitar proteínas; para compararlos con un método comercial, que ya cuenta con solución de lisis, precipitado y elución de ADN. Es importante mencionar que, la mayoría de las veces las instituciones públicas no reciben el apoyo económico adecuado, por ello, se desea buscar alternativas para extraer el material genético de hongos conservados en herbario y de muestras frescas sin utilizar kits comerciales. Para el análisis estadístico se utilizó un diseño experimental ANOVA completamente al azar en diseño factorial 4x3, es decir, 3 protocolos + 1 kit comercial, resultando 4 protocolos para evaluar y 3 estados de la muestra (tejido joven y tejido conservado hidratado y no hidratado), dando como resultado 12 tratamientos y se aplicará 4 repeticiones para cada protocolo, con un total de 48 unidades experimentales. Mediante una prueba post Hoc de Tukey, se evaluó la eficacia de los protocolos de extracción de ADN sobre las muestras, determinando cual protocolo es estadísticamente significativo o al menos distinto en su efecto. Como resultados se obtuvo que la extracción de ADN con el segundo protocolo que consta de una solución de lisis formada por CTAB al 2%; TrisHCl (100 mM); NaCl (2,4 M); DMSO al 5%; EDTA (20 mM) y cloruro de litio, es el óptimo, ya que, presentó mejores concentraciones e integridad de ADN. |
| Palabras clave : | BIOTECNOLOGÍA TAXONOMÍA -- XYLARIA ACIDOS NEUCLEICOS ANOVA |
| Fecha de publicación : | 2025 |
| URI : | http://dspace.ups.edu.ec/handle/123456789/29540 |
| Idioma: | spa |
| Pertenece a las colecciones: | Grado |
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