Análisis Molecular del Género Gongora (Orchidaceae), mediante el gen matK, rpoC1 y ycf1, de las especies registradas en el Ecuador.

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Título : Análisis Molecular del Género Gongora (Orchidaceae), mediante el gen matK, rpoC1 y ycf1, de las especies registradas en el Ecuador.
Autor : Rojas Bravo, Martin Enrique
Silva Cantos, Emily Michelle
Director de Tesis: Cerna Cevallos, Marco Fernando
Resumen traducido: Ecuador is considered one of the countries with the highest index of diversity of plant organisms globally, within its geographical delimitation, the Orchidaceae family can be found as one of the most representative, abundant and diverse in the region. Within this category is the genus Gongora, which includes about 60 to 70 described species distributed in South America, Central America, part of Mexico and the United States. Research on molecular identification and phylogeny of this genus is scarce, therefore, in order to know its origin, evolution, ecological niche and conservation status, previous information was collected on the species described in Ecuador, which includes about 20 species distributed in ecosystems such as low Andean, Amazonian and coastal forests and 6 of them are endemic to our country. In the present study we worked with 12 plant samples of the genus Gongora, the chloroplastic regions matK, rpoC1 and ycf1 were amplified by conventional PCR, the PCR products were sequenced by the Sanger method, quality control and cleaning of gene sequences were performed in FinchTV V 1.5.0 and with this a phylogenetic tree was constructed with the Maximum Likelihood estimation method and the Tamura-Nei evolutionary model. By means of phylogeny and georeferencing, the species were classified in the respective groups and considering the external group, which revealed that the matk and rpoC1 genes were efficient barcode DNA regions for identification at genus level in comparison with ycf1, which has a high rate of interspecific divergence; The analysis and refinement of the new sequences was compiled in the GenBank NCBI database to increase the phylogenetic information on the study genus and the biogeographic data of the different species were complemented by georeferencing with ARCGIS V 10.8.2 and information from the Tropicos botanical database V 3.4.0.
Resumen : Ecuador es considerado como uno de los países con mayor índice de diversidad de organismos vegetales a nivel global, dentro de su delimitación geográfica se puede hallar a la familia Orchidaceae como una de las más representativas, abundantes y diversas de la región. Dentro de esta categoría, se encuentra el género Gongora que abarca alrededor de 60 a 70 especies descritas que se encuentran distribuidas en América del Sur, Centro América, parte de México y Estados Unidos. Las investigaciones de identificación molecular y filogenia de este género son escasas, por ello, para saber su origen, evolución, nicho ecológico y estado de conservación, se recopilo información previa sobre las especies descritas en Ecuador, que engloba alrededor de 20 especies que se distribuyen en ecosistemas como bosques andinos bajos, amazónicos y litorales y 6 de ellas son endémicas en nuestro país. En el presente estudio se trabajó con 12 muestras vegetales del género Gongora, se amplificaron las regiones cloroplásticas matK, rpoC1 y ycf1 mediante PCR convencional, los productos de PCR fueron secuenciados mediante el método Sanger, se realizó control de calidad y limpieza de las secuencias génicas en FinchTV V 1.5.0 y con ello se construyó un árbol filogenético con el método de estimación de Máxima Verosimilitud y el modelo evolutivo Tamura-Nei. Mediante filogenia y de georreferenciación se clasificó a las especies en los respectivos grupos y considerando al grupo externo, los cuales revelaron que los genes matk y rpoC1 fueron regiones ADN barcode eficientes para la identificación a nivel de género en comparación con ycf1 que posee alto índice de divergencia interespecífica; El análisis y depurado de las nuevas secuencias fue recopilado en la base de datos GenBank – NCBI para aumentar la información filogenética sobre el género de estudio y se complementó los datos biogeográficos de las distintas especies mediante georreferenciación con ARCGIS V 10.8.2 e información de la base de datos botánicos Tropicos V 3.4.0.
Palabras clave : BIOTECNOLOGÍA
ORCHIDACEAE
GONGORA
GEORREFERENCIACIÓN
Fecha de publicación : feb-2023
URI : http://dspace.ups.edu.ec/handle/123456789/24296
Idioma: spa
Pertenece a las colecciones: Grado

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